I lavori di restauro, iniziati nel mese di marzo dell'anno 2000, presero avvio dal recupero delle decorazioni in stucco policromo dell'atrio : le decorazioni plastiche, attribuite al progetto di Giovanni Battista Castello il Bergamasco, risultavano interamente ricoperte da massiccie stratificazioni di colorazioni a base di calce e tempere, peraltro ossidate,

che ne ottundevano il modellato, cancellando particolari e dettagli, e celandone alla vista il colore originario: la stesura più recente, voluta da Andrea Podestà nella seconda metà del XIX secolo, si presentava decoesa, molto annerita e parzialmente distaccata.
La rimozione delle coloriture, effettuata per mezzo di bisturi, ha riportato a vista, nei fondi azzurri, "sfregazzi" a pennello pressochè asciutto, utilizzati per rendere l'effetto del velo trasparente: qui il ritocco pittorico con velatura ad acquarello si è rivolto essenzialmente alla chiusura delle abrasioni e cadute di colore non dovute alla tecnica originale.
Laddove sono state rimosse vecchie integrazioni , si è provveduto a stuccare con malta fine a base di calce e polvere di marmo.

Come citato da Federico Alizeri, i rilievi in stucco dell'atrio e del prospetto di Palazzo Lomellino,ad esclusione delle ripetute coloriture e delle inevitabili ricostruzioni dovute a modifiche strutturali, specie in facciata, hanno mantenuto nel tempo una notevole compattezza e coesione materica.
Il restauro della decorazione del prospetto su Strada Nuova, ultimato recentemente, consente ora di leggere la cromia originale, essenzialmente giocata sul contrasto tra il colore pressochè naturale dello stucco ed il blu - ardesia dei fondi : le indagini scientifiche effettuate hanno messo in evidenza che si tratta di un marmorino con aggiunta di "nero di lampada", un pigmento di origine organica, minerale e naturale, ottenuto dalla combustione di oli, grassi e petroli in carenza di aria, utilizzato in pittura fin dall'antichità.

Gli interventi compiuti nel XIX secolo da Andrea Podestà, che acquisì il palazzo nel 1865, dovettero sostanzialmente limitarsi alla ricoloritura della facciata come annota l'Alizeri (1875 pag 190): "schiarita la fronte, un tal poco oscurata da vetustà". A tali interventi dovrebbero quindi appartenere le scialbature riscontrate sugli stucchi e le ridipinture a base di tempera nelle cornici a monocromo degli sfondati.

Nel corso del primo sopralluogo, in fase di mappatura dello stato di conservazione, furono rilevati vari distacchi, specie vicino ai marcapiani,dovuti probabilmente a vibrazioni riconducibili a schegge di bomba che hanno colpito la facciata, ed a infiltrazioni di acqua piovana.
Altro elemento di degrado fu causato dalla stesura pressochè uniforme di una tempera giallo- arancio che, penetrata nel primo livello superficiale aveva provocato una macchiatura a chiazze: tale problematica risultava tanto più tenace quanto più la superficie era compromessa dalla perdita della patinatura liscia.
Rilievi e specchiature si presentavano coperti quasi uniformemente da uno strato di polveri e depositi carboniosi che ottundendo i modellati ne distorcevano la lettura; si notavano inoltre diffusi fenomeni di erosione delle superfici a rilievo, soprattutto nei festoni del secondo piano e segnatamente in tutta la fascia posta sull'angolo destro, nonchè numerose fratturazioni del modellato indotte dall'ossidazione degli elementi interni in ferro, riscontrabili soprattutto nelle parti più sporgenti dei festoni di frutta, nei mascheroni leonini e nella panoplia posta all'estremità destra del primo piano.
Si notavano diffusamente il distacco, il sollevamento e la caduta di intonachino nelle specchiature, sui marcapiani e sul cornicione :le operazioni di pulitura dell'intera superficie, mediante accurato lavaggio con acqua deionizzata nebulizzata, sono state effettuate dopo l'avvenuto consolidamento, mediante maltina semifluida per iniezione, delle parti sopradescritte.
In seguito alla reintegrazione con malta a base di calce delle mancanze riscontrate in seguito alla rimozione di stuccature improprie, allo scopo di restituire l'alternanza cromatica neutro-ardesia,gli sfondati sono stati trattati con velatura di colori alla calce adeguatamente pigmentati.

Tutti gli elementi lapidei del prospetto sono stati puliti mediante sistema "jos", ovvero getti nebulizzati di acqua a bassa pressione (fino a 0,2-0,4 atm.) in miscela con carbonato di calcio finissimo in polvere,e la superficie marmorea del portale e dei balaustrini è stata protetta con polimero monocomponente traspirante.