Il ninfeo, essendo posto in un luogo aperto, oltre a convivere costantemente con la presenza dell'acqua, é inoltre soggetto al progressivo degrado indotto dagli agenti atmosferici; ma è proprio l'acqua che lo rende soggetto a una serie di fenomeni di alterazione propri di queste condizioni ambientali.

La mancanza poi, di una periodica manutenzione contribuisce ad accellerarne il deterioramento.

I materiali stessi, posti in opera nella realizzazione come, e peggio, quelli inadeguati impiegati nei successivi interventi avevano prodotto gravi problemi conservativi.
Prendiamo in esame innanzi tutto i materiali originali: gli elementi metallici all'interno dei modellati, con funzione di sostegno di elementi naturali, si erano progressivamente alterati a causa delle ossidazioni, e deformandosi avevano prodotto la fratturazione o il distacco di parti del modellato così come avevano resa incerta la stabilità, quando non anche prodotto la caduta di molti elementi del rivestimento naturale.
La presenza di malte cementizie, con quantità di sali solubili particolarmente elevata, impiegate negli interventi otto-novecenteschi, aveva indotto la formazione di vaste efflorescenze che infestava le superfici disgregandole.
Anche i numerosi arbusti infestanti, radicati al di sotto degli intonaci, sono stati causa di ulteriori scollamenti degli strati superficiali di malta, così come la diffusa presenza di microflore batteriche, muschi e licheni ha provocato erosione sulle superfici lapidee e degli stucchi.
Il continuo percolamento delle acque piovane e di quelle dovute all'alimentazione del ninfeo lungo le pareti laterali della grotta inferiore ha portato alla formazione di consistenti depositi calcarei.

L'intervento di pulitura ha preso avvio da un accurato e ripetuto lavaggio con acqua demineralizzata, ed è poi proceduto, in seguito alla rimozione delle incongrue ricostruzioni in malte cementizie,mediante bisturi.
Le stuccature e le sigillature sono state realizzate con malta a base di calce e e polvere di marmo, opportunamente pigmentate, e tutte la superficie è stata infine protetta con stesura di prodotto silossanico.